Le musée met en valeur l'un des ensembles conventuels les mieux conservés de la métropole, celui des Hospitalières de Saint-Joseph, des soeurs soignantes. L'ensemble, réalisé en 1861 d'après les plans de l'architecte Victor Bourgeau, comprend leur ancien monastère et leur jardin, l'hôpital, trois chapelles, une crypte et le musée, situé dans l'ancienne résidence des aumôniers. Le musée retrace quatre siècles d'histoire à travers sa fascinante collection reliée au développement de Montréal, à la pratique des soins hospitaliers, de la médecine et de la pharmacie ainsi qu'aux arts sacrés. Des visites commentées du jardin, du monastère, de la chapelle et de la crypte, où se trouve la sépulture de la cofondatrice de Montréal et fondatrice de l'Hôtel-Dieu, Jeanne Mance, sont offertes au cours de l'année.